De acuerdo con nuestra acta constitutiva, los objetivos de la Asociación Etnobiológica Mexicana son:
a) Promover, impulsar y fortalecer la investigación, docencia y divulgación en el área de la Etnobiología, que permitan conocer mejor diferentes aspectos de la relación ser humano-naturaleza.
b) Contribuir en acrecentar, preservar, defender, revalorar, impulsar y difundir el conocimiento etnobiológico.
c) Contribuir a preservar, defender, revalorar el uso de la diversidad cultural/biológica en México.
d) Ampliar la interrelación de la comunidad científica con los diferentes grupos étnicos del país.
e) Fomentar y propiciar la comunicación e interrelación entre todas las personas que llevan a cabo trabajo etnobiológico, así como todas aquellas que se interesen en el mismo.
f) Representar e interrelacionarse con organismos gubernamentales y privados, nacionales e internacionales, sociedades, agrupaciones e instituciones similares a esta sociedad, así como con las comunidades u organizaciones campesinas e indígenas.
g) Incrementar los vínculos de trabajo con los investigadores y docentes de la Etnobiología del país y de otros países.
h) Contar con distintos foros de expresión que den cabida periódicamente a la presentación de trabajos de Etnobiología que se realizan en México y otros países, existiendo la libertad de expresión y de discusión de los mismos.
i) Estimular a través de reconocimientos las tesis, trabajos de investigación y trabajos desarrollados por expertos nativos en comunidades.
j) Conocer y fortalecer la diversidad cultural y biológica de México denunciando las acciones que destruyan estos patrimonios nacionales.
k) Establecer el órgano de publicación oficial para los estudios generados por los miembros de la sociedad.